“接下來是不是提問環(huán)節(jié)?我已經(jīng)嗅到評委席上飄來的硝煙味......”
第一個開口的是來自生命科學(xué)院的周士博周老,他曾主動向院方領(lǐng)導(dǎo)提出想帶蘇雨眠幾人,結(jié)果沒成。
雖有遺憾,不過他尊重幾個孩子的選擇。
甚至隱隱有種刮目相看的意味。
“不忘師恩”誰都會說,但真正落實到行動的,又有幾個?
歐陽沒看錯人,也沒等錯人。
蘇雨眠值得!
周士博:“既然大家都這么謙虛,那就由我來起這個頭,權(quán)當拋磚引玉。蘇同學(xué),你剛才著重講了midas這種新算法的基礎(chǔ)邏輯,以及具體運行思路和前端操作方式,卻沒提這種新算法出現(xiàn)的意義和可能帶來的積極影響,可以大致說一說嗎?”
蘇雨眠:“眾所周知,單細胞測序技術(shù)是近年來生命科學(xué)領(lǐng)域的突破性技術(shù),能夠檢測單個細胞內(nèi)的多種遺傳物質(zhì)與功能分子,比如rna表達、蛋白質(zhì)豐度和染色質(zhì)可及性等等,從而揭示細胞在不同分子層面的異質(zhì)性以及組學(xué)之間的關(guān)聯(lián),有助于更加深入地理解細胞功能,探索生命發(fā)育和疾病發(fā)生等機制。然而——”
她話鋒一轉(zhuǎn),“隨著測序技術(shù)的發(fā)展和測序數(shù)據(jù)的增長,不同組學(xué)組合、不同測序技術(shù)、不同測序樣本的‘馬賽克’式單細胞數(shù)據(jù)整合成為巨大的挑戰(zhàn)。”
周士博點頭:“確實如此?!?
蘇雨眠:“您問midas出現(xiàn)的意義,我認為這應(yīng)該是人類研究首次實現(xiàn)通用單細胞多組學(xué)馬賽克數(shù)據(jù)的模態(tài)對齊、數(shù)據(jù)補全、批次校正等整合功能,為構(gòu)建大規(guī)模多組學(xué)細胞圖譜、實現(xiàn)大規(guī)模單細胞多組學(xué)分析與知識遷移提供了重要的原創(chuàng)技術(shù)......”
接著,是化學(xué)與分子工程學(xué)院的民受文,民教授——
“這種新算法對比從前的方法,有什么突出優(yōu)勢嗎?”
這個問題很大,很泛泛,屬于“萬精油式”提問,套用到其他論文上也沒毛病。
但蘇雨眠還是想了想,認真答道:
“midas假設(shè)每個細胞的多模態(tài)觀測值是通過深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)從兩個與模態(tài)無關(guān)且解耦的隱變量生成......其輸入由不同單細胞樣本(批次)的表達矩陣和批次編號向量組成......因此可能存在不同的技術(shù)噪聲、模態(tài)組合和觀測特征......midas的輸出包括生物狀態(tài)和技術(shù)噪聲兩種低維表示的矩陣,以及對缺失模態(tài)和特征進行了補全并消除了批次效應(yīng)的表達矩陣。s